Uma das divisões da Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Inovação (PROPEGI) é a Coordenação Geral de Pesquisa – CPQ, que possui a missão de auxiliar a PROPEGI no planejamento, proposição e implementação de políticas de pesquisa científica para UPE, colaborando para o desenvolvimento científico, tecnológico e social do Brasil. Alguns dos objetivos da CPQ é:

1. Acompanhar e incentivar atividades de capitação de recursos para apoio a pesquisa, assim como contribuir para a criação e regulamentação de convênios e cooperações científicas;
2. Direcionar investimentos e recursos para novos programas de pesquisa e apoiar os já existentes;
3. Coordenar e acompanhar projetos e relatórios cadastrados nas bases de dados da Universidade;
4. Certificar Grupos de Pesquisa da UPE cadastrados no Diretório dos Grupos de Pesquisa (DGP) do CNPq, assim como avaliar e aprovar novas propostas de criação de grupos;
5. Promover e apoiar encontros, simpósios, seminários e conferências que contribuam para fortalecer e divulgar atividades de pesquisa na UPE;
6. Gerenciar editais de apoio a pesquisa em programas de pós-graduação stricto sensu da UPE e nos programas de iniciação científica para alunos de graduação e ensino médio.

A Coordenação Geral de Inovação – CGI, regida pela Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Inovação, tem como objetivo em consonância com a missão e a visão da UPE, a criação de estratégias de atuação institucional no ambiente produtivo local, regional, nacional e internacional, bem como, a execução de pesquisa científica, aplicada e tecnológica.

Seguem algumas diretrizes da CGI:

1. Contribuir para a criação de um ambiente favorável à geração de conhecimento e a sua transferência para a sociedade, em consonância com a missão da Universidade;
2. Estimular e promover a cultura empreendedora e de inovação entre os docentes, discentes e servidores da UPE;
3. Dotar a UPE de mecanismos de gestão para maior interação e eficiência com o setor produtivo;
4. Potencializar a criação de propriedade intelectual por meio de projetos, atividades financiadas ou realizadas em cooperação com outras instituições, entidades de apoio ou empresas;
5. Ampliação de parcerias estratégicas com instituições públicas e privadas;
6. Contribuir para a produção científica e tecnológica de nível internacional ;
7. Gerenciar editais de apoio à pesquisa e inovação no âmbito da UPE.